3% spielt in einer dystopischen Welt. Jugendliche eines in einer Wüste liegenden Slums können sich im Alter von 20 Jahren einem komplexen, teils menschenverachtenden Auswahltest unterziehen, bei dem die besten 3 Prozent die Chance erhalten, an einem technisch weit fortgeschrittenen Ort aufgenommen zu werden. Leiter der futuristischen Testanlage ist dabei der undurchsichtige Ezequiel, der auch vor Folter und Mord nicht zurückschreckt.